Fundada no início do século XVIII pelo aventureiro taubateano Tomé Portes del-Rei quando fixou-se na região que se chamava Porto Real da Passagem afim de dar condições de pouso, alimentação e travessia pelo famoso Rio das Mortes aos aventureiros que passasse por aquelas bandas.
Mais tarde, quando ocorreu a descoberta das pepitas auríferas nas proximidades da Serra do Lenheiro, um forte núcleo urbano desenvolveu-se rapidamente.
Após os intensos conflitos entre Emboabas e Paulistas pela posse do ouro, o Arraial Novo do Rio das Mortes tomou enormes proporções de desenvolvimento econômico e social.
Considerada uma das maiores vilas do século do ouro para os portugueses, São João del-Rei chegou a ser cogitado para ser a capital do novo país caso a Inconfidência Mineira acontecesse.
Após a decadência da mineração, as principais atividades econômicas nesta cidade foram a indústria têxtil e o estanho.
Atualmente, São João del-Rei conta com um acervo histórico muito importante dentro do país, atraindo vários interessados em conhecer a História de Minas Gerais.
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